PBIs landegrupper i 13 land danner grunnlaget for PBI og er ansvarlige for rekruttering og innledende opplæring av frivillige, de nasjonale støttenettverkene, lobbyvirksomhet, fundraising, publikasjoner, og å heve profilen til PBI og de organisasjonene vi ledsager.
PBIs prosjekter i Colombia, Guatemala, Mexico, Kenya og Honduras utfører beskyttende ledsagelse, rapportering, opplæring og støtte av frivillige, lobbyvirksomhet, fundraising, samarbeid med andre organisasjoner, og produserer publikasjoner. De koordinerer aktiveringen av det internasjonale støttenettverket sammen med landegruppene. Colombia-prosjektet gir også workshops på sosial gjenoppbygging. PBI Indonesia fokuserer på kapasitetsbygging og opplæring av menneskerettighetsforkjempere. I tillegg støtter PBI NepalMonitor.org, som fungerer som et sikkerhetsverktøy og gir menneskerettighetsforkjempere oversikt over hendelser og overgrep.
Det internasjonale sekretariatet består av et internasjonalt råd (International Council), et internasjonal operasjonelt råd (International Operations Council), et internasjonalt kontor, samt ulike tematiske komiteer. Sammen er de ansvarlige for forvaltning, koordinering, økonomi, fundraising, politikkutvikling, organisasjonsutvikling og internasjonale publikasjoner.
PBIs Internasjonale kontor i London, England, har ansvaret for koordinering av organisasjonen, samt intern kommunikasjon, økonomi og administrasjon.
Generalforsamlingen (the General Assembly) er det høyeste besluttende organ i PBI, møtes hvert tredje år og består av representanter for PBIs prosjekter og landegrupper.
PBIs styrende organ er Det internasjonale rådet (International Council), som består av uavhengige representanter for prosjekter og landegrupper. Det internasjonale rådet implementerer retningslinjer og prosedyrer fastsatt av Generalforsamlingen og gjør beslutninger mellom generalforsamlingene.
Det Operasjonelle rådet (International Operations Council) består av ansatte representanter i prosjekter og landegrupper, og er ansvarlige for at beslutningene tatt av Generalforsamlingen og det Internasjonale rådet blir gjennomført.
Dette internasjonale sekretariatet og prosjektene danner den globale strukturen for PBI. PBI er registrert som et non-profit selskap i staten Washington, USA. Landegruppene er selvstendige organer som bestemmer sine egne strukturer og er juridisk ansvarlige for sine egne handlinger.